Ders Öğretim Planı

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü Yıl Dönem AKTS
FBİ685 Prokaryotik Filogeni 927003 1 1 7.5

Dersin Amacı

Dersin amacı sistematik araştırmalarda temel parametrelerin ve analiz yöntemlerinin öğretilmesidir.

Dersin Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri

Prof. Dr. Kamil IŞIK

Ön Koşul Dersleri

Yok

Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

Hillis D. M. and Moritz C 1996 Molecular Systematics, 2. Edition Sinauer Assoc. Salemi M and Vandamme A. M. 2004 the Phylogenetic Handbook. A practical approach to DNA and protein Phylogeny. Cambridge Univ. Press

Dersin Sunulduğu Dil

İngilizce

Staj Durumu

Yok

Dersin İçeriği

Moleküler verileri kullanarak filogenetik analizlerin temel teorik bilgilerini ve uygulmalarını içermektedir. Biyoinformatik yazılımları ve çeşitli çıkarım metodları için filogenetik yazılımları (Maximum olasılık, Bayesian, Parsimoni) kullanmayı öğrenecekler. Moleküler Verilerin tür ve gen analizinde kullanılması, çoklu dizi hizalama; Karakterler ve Parsimoni analizlerine giriş, Protein Evrim Modelleri, Amino Asit Değişme matrisleri, Uzaklık Metodları, Filogenetik veriler ve hipotezler

Değerlendirme

# Etkinlikler Adet Yuzde Katkısı Yarıyıl İci Etkinlik Yıl Sonu Etkinlik
90 Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 0 40
91 Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 0 60
1 Ara Sınav 1 100 1
2 Final Sınavı 1 100 1

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
1 Ara Sınav 1 15 15
2 Final Sınavı 1 20 20
5 Derse Katılım 14 4 56
8 Rehberli Problem Çözümü 2 5 10
10 Tartışma 7 5 35
11 Soru-Yanıt 6 5 30
28 Makale Kritik Etme 20 1 20

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Filogenetiğe Giriş
2 Primer Dizaynı
3 PCR optimizasyonu ve sorun giderme
4 Sekans benzerliği arama algoritmaları, BLAST'ın bütün formlarını kullanarak genomik veritabanlarını tanıma
5 Çoklu sekans dizilimi Clustal, Muscle programlarında sekanslarınızı align etmek
6 DNA'nın mutasyonel değişim sekansı, Uzaklık hesaplama
7 Moleküler Evrim'in modellenmesi
8 Terminolojiye genel bakış, homoloji ve homoplasi, karakter kodlama, dal uzunlukları, evrimsel değişimin hesaplanması, uzaklık metodu
9 Olasılık hesaplama
10 Ara Sınav
11 Bayes Teorisi
12 Gen duplikasyonları, gen aileleri, gen ağaçları, tür ağaçları
13 Farklı gen bankalarından verilerin eldesi
14 Veri Analizi
15 Final Sınavı

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1169218 Primerlerin dizaynını ve optimize PCR koşullarını öğrenir, karşılaşabileceği sorunlara çözüm üretir
2 1170799 Biyoinformatik dosya tiplerini öğrenir, sekans benzerlik araştırmalarının arkasındaki prensipleri bilir
3 1152935 Filogenetikte kullanılan terimleri bilir
4 1159347 Maximum parsimonini prensiplerin öğrenir
5 1159866 Ağaç oluşturma algoritmalarının öğrenir

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama
1 66300 Biyoloji alanında güncel ve daha ileri bir bilgi seviyesine sahip olmalı
2 66301 Biyolojik problemlerin çözümünde bilimsel metodları ve güncel teknolojiyi kullanabilmeli
3 66302 Sahip olduğu bilgiyi analiz ederek, karşılaştırarak ve sorgulayarak problemlerin çözümünde kullanabilmeli ve ilgili alanda orijinal bir araştırma hazırlayabilmeli
4 66303 İlgili alandaki lisansüstü programa veya AR&GE birimlerine veya mesleki alandaki bir işe girebilme yetenek ve özellikleriyle donanmış olmalı
5 66308 biyolojik bilimler ve ilgili alanlar ile ilgili bilgi sahibi yapmak, biyolojik teknikleri kullanabilmeleri için öğrencilerin kabiliyetlerini geliştirmek
6 66304 Kontrollü deneyler planlayabilmeli ve ilgili alanda orijinal araştırmalar gerçekleştirebilmeli
7 66305 Biyolojik problemlerin çözümünde bilimsel metodları ve güncel teknolojiyi kullanabilmeli
8 66312 Alanı ile ilgili karşılaşılan sorunları araştırma yöntemlerini kullanarak çözümleyebilme.
9 66311 Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uygulanması ve duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerleri gözeterek denetler ve bu değerleri öğretir.
10 66313 Alanı ile ilgili sorunların çözümlenmesini gerektiren ortamlarda liderlik yapabilme.
11 66306 Sahip olduğu bilgiyi analiz ederek, karşılaştırarak ve sorgulayarak problemlerin çözümünde kullanabilmeli ve ilgili alanda orijinal bir araştırma hazırlayabilmeli
12 66314 Alanındaki güncel gelişmeleri ve kendi çalışmalarını, nicel ve nitel veriler ile destekleyerek alanındaki ve alan dışındaki gruplara, yazılı, sözlü ve görsel olarak sistemli biçimde aktarabilme.
13 66307 Mesleki alanla ilgili her faaliyette ahlaki ve profesyonel davranış gösterebilmeli
14 66315 Sosyal ilişkileri ve bu ilişkileri yönlendiren normları eleştirel bir bakış açısıyla incelemeyebilme, geliştirebilme ve gerektiğinde değiştirmek üzere harekete geçebilme.
15 66309 Sahip olduğu bilgiyi analiz ederek, karşılaştırarak ve sorgulayarak problemlerin çözümünde kullanabilmeli ve ilgili alanda orijinal bir araştırma hazırlayabilmeli
16 66317 Alanında özümsedikleri bilgiyi, problem çözme ve/veya uygulama becerilerini, disiplinlerarası çalışmalarda kullanabilme.
17 66316 Alanı ile ilgili konularda strateji, politika ve uygulama planları geliştirebilme ve elde edilen sonuçları, kalite süreçleri çerçevesinde değerlendirebilme.
18 66310 Mesleki alanla ilgili her faaliyette ahlaki ve profesyonel davranış gösterebilmeli

Ögrenme Çıktı Matrisi

Program Çıktısı
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18
Öğrenme Çıktısı
1 4 4 4 4 3 4 4 4 5 4 4 4 4 4 4 3 5 4
2 3 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 3
3 3 4 3 5 4 4 4 4 3 4 4 3 4 4 4 3 4 4
4 4 4 4 4 4 3 4 3 4 4 5 4 5 4 4 4 4 4
5 4 4 3 5 4 4 4 4 4 5 3 4 5 5 4 4 4 4
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek