Ders Öğretim Planı

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü Yıl Dönem AKTS
TBT637 Biyoinformatik 927003 1 1 7.5

Dersin Amacı

Bu ders kapsamında, biyolojik veritabanlarının ve bazı biyoinformatik araç ve yaklaşımların DNA-RNA ve protein arasındaki bilgi akışının daha iyi anlaşılabilmesi amacıyla araştırılması ve tartışılması amaçlanmaktadır. Ek olarak, dizilerin karşılaştırılması, filogenetik ağaç kurulumu, türler arasındaki uzaklığın hesaplanması, mikroarray verilerinin değerlendirilmesi, genomik ve proteomik yaklaşımlar bu dersin kapsamındadır.

Dersin Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri

Doç. Dr. Musa KAVAS

Ön Koşul Dersleri

Yok

Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

Biyoinformatik Temelleri ve Uygulamaları. Kastamonu Üniversitesi Basımevi, Basım sayısı: 1, Sayfa Sayısı 322, ISBN:978-605-4697-19-9,

Dersin Sunulduğu Dil

Türkçe

Staj Durumu

Hayır

Dersin İçeriği

Biyoinformatiğe giriş, Biyolojik bilgi çeşitleri, hizalama programları, bioinformatikte kullanılan dosya formatları, blast çeşitleri, gen ifadesinin analiz yöntemleri, yeni nesil dizileme sistemleri

Değerlendirme

# Etkinlikler Adet Yuzde Katkısı Yarıyıl İci Etkinlik Yıl Sonu Etkinlik
90 Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 1 60
91 Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 1 40
1 Ara Sınav 1 40 1
4 Quiz 1 20 1
46 Laboratuvar Ara Sınavı 1 30 1
2 Final Sınavı 1 100 1

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
4 Quiz 2 1 2
5 Derse Katılım 1 1 1
6 Uygulama/Pratik 14 2 28
22 Proje Hazırlama 1 20 20
32 Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 45 45
33 Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 45 45
46 Laboratuvar Ara Sınavı 1 3 3
52 Quiz için Bireysel Çalışma 2 20 40

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Biyoinformatiğe giriş biyoinformatik 25 subat.ppt
2 Santral dogma ve biyoinformatik analizlerde kullanılan biyolojik bilgi çeşitleri Biyoinformatik son.pptx
3 BLAST ve çeşitleri Blast.ppt
4 Uygulamalı BLAST analizleri Blast.ppt
5 Çoklu DNA/protein dizisinin karşılaştırılması: alignment Çoklu Dizi Hizalama.pptx
6 Veri tabanları veri tabanlarına giriş.ppt
7 Gen ontolojisi Ara sınav gen ontolojisi.pptx
8 Galaxy ve Cyverse gibi bulut sistemlerinin biyoinformatik analizlerde kullanımı Galaxy ve Cyverse gibi bulut sistemlerin Biyoinformatik analizlerde.pptx
9 Galaxy üzerinde SRA ve FastaQ dosyalarını tanıma ve işleyebilme GalaxyWorkshopNotes.pdf
10 Galaxy server üzerinde genom analizleri GalaxyWorkshopNotes.pdf
11 De novo ve referans tabanlı RNA seq analizleri rnaseq.pptx
12 De novo ve referans tabanlı RNA seq analizleri rnaseq.pptx
13 Moleküler filogeni filogeni.pdf
14 Protein domain taraması Protein Yapısı ve analizi.ppt
15 Final

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1548436 İki veya daha fazla dizi için karşılaştırma araçlarının tanımlanabilmesi ve benzerlik/uyumsuzluk durumunun tartışılabilmesi
2 1548437 Verilen diziler için filogenetik ağaç oluşturabilme ve türler arasındaki uzaklığı tartışabilme
3 1548438 Protein-RNA ve DNA arasındaki bilgi akışını anlayabilme ve büyük ölçekli biyolojik verilerin çeşitli biyoinformatik temelli araçlar kullanarak analiz edebilme
4 1548435 Biyolojik veritabanlarının temellerinin anlama ve moleküler biyoloji ve genetik kapsamında kullanılabilme

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama
1 74659 Tarımsal biyoteknoloji konusunda çeşitli teknikleri öğrenme ve kaynakları değerlendirme özelliğine sahiptir.
2 74663 Modern tarımsal üretim için gerekli olan kuramsal bilgilere sahiptir.
3 74660 Tarımsal Biyoteknoloji konusunda uygulama yapabilir, çeşitli alet ve ekipmanları kullanabilir.
4 74664 Tarımsal biyoteknoloji alanında gerekli projeleri yapabilir ve temel düzeyde bir çalışmayı bağımsız olarak yürütebilir.
5 76217 Alanında edindiği kuramsal ve uygulamalı bilgilerle sorunları belirleyebilir, çözüm üretebilir ve uygulayabilir.
6 74661 Bilgi ve becerilerine göre proje hazırlayabilir ve bağımsız çalışma özelliği kazanabilir
7 74658 Ürettiği ürünleri insanlığın yararına kullanabilir, teknoloji üretebilir ve sanayi ile irtibat yapabilir
8 74662 Çalışma sonuçlarını değerlendirerek yeni fikirler ortaya koyabilir
9 74656 Toplumsal konularda fikir ortaya koyabilme ve fikirlerinden istifade edebilir ve bağımsız ve takım çalışması yeteneğini kazanır
10 76216 İçinde bulunduğu sosyal çevre ile iletişim kurabilir, faydalı projeler üretebilir ve uygulayabilir
11 74657 Çalışma alanıyla ilgili bilgilerini artırabilir, yeni fikirler ortaya koyabilir ve uzmanlaşabilir

Ögrenme Çıktı Matrisi

Program Çıktısı
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11
Öğrenme Çıktısı
1 4 4 4 2 4 5 4 3 2 5 3
2 4 2 4 3 5 5 4 4 3 5 3
3 2 5 3 4 3 4 3 3 5 3 3
4 2 5 4 3 4 3 4 5 5 4 4
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek