Ders Öğretim Planı

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü Yıl Dönem AKTS
TBG616 Protein Yapısı, İşlevi ve Çeşitliliği 927003 1 2 6

Dersin Amacı

Bu ders öğrencilere protein yapısı, işlevleri, modifikasyonları, çeşitliliği ve protein analizi yöntemleri ile ilgili detaylı bilgi vermeyi amaçlar.

Dersin Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri

Dr. Ö Ü. M. Alper ARSLAN

Ön Koşul Dersleri

Moleküler Biyoloji

Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

Introduction to Protein Strucure, Branden & Tooze, İkinci baskı, Garland Yayınevi, 2000 Introduction to Protein Science: Architecture, Function and Genomics, İkinci baskı, Oxford Yayınevi, 2010 Protein Structure and Function, Petsko & Ringe, New Science Yayınevi, 2004 Proteins: Structure and Function, Whitford, Wiley Yayınevi, 2005 Introduction to Proteins: Structure Function and Motion, Kessel & Ben-Tal, CRC Yayınevi, 2011 Protein Families: Relating Protein Sequence, Structure & Function, Orengo & Bateman, Wiley Yayınevi, 2014

Dersin Sunulduğu Dil

Türkçe

Dersin İçeriği

Protein primer, sekonder, tersiyer ve kuaterner yapısı; protein stabilitesini sağlayan bağlar; post-translasyonel modifikasyonlar; protein katlanması ve yanlış katlanması, protein agregasyonu-hastalık ilişkisi, farklı protein etkileşimlerinin protein işlevi ile ilişkisi, proteomiks , protein analiz yöntemleri, protein dizi ve yapı analizinde kullanılan biyoinformatik araçlar

Değerlendirme

# Etkinlikler Adet Yuzde Katkısı Yarıyıl İci Etkinlik Yıl Sonu Etkinlik
90 Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 1 40
91 Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 1 60
24 Seminer 1 100 1
2 Final Sınavı 1 100 1

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
2 Final Sınavı 1 1 1
22 Proje Hazırlama 1 30 30
24 Seminer 1 1 1
29 Bireysel Çalışma 1 40 40
33 Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 60 60
34 Okuma 1 20 20

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Protein yapısına giriş
2 Amino asitlerin yapısı, konfigürasyonu ve yan zincir özellikleri
3 Primer yapı ve protein katlanmasında rol alan bağlar
4 Sekonder yapı, motifler, domeynler, alfa heliks ve beta plakalar
5 Motifler, domeynler, tersiyer ve kuaterner yapı
6 Protein stabilitesi, katlanması ve post-translasyonel modifikasyonlar
7 Protein yapısından protein işlevine geçiş: Konformasyonel değişimler ve allosterik regülasyon
8 Protein-ligand etkileşimleri
9 Protein-protein etkileşimleri
10 Protein-DNA etkileşimleri
11 Proteomiks ve protein analizinde kullanılan yöntemler-I
12 Proteomiks ve protein analizinde kullanılan yöntemler-II
13 Şaperonlar, protein yanlış katlanması ve hastalıklarla ilişkisi
14 Protein dizi ve yapı analizi için biyoinformatik araçlar

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1309437 Protein yapısının çok katmanlı oluşumunu açıklayabilir
2 1309438 Natif protein katlanması için gerekli basamakları açıklayabilir
3 1309439 Protein yapısının protein işlevine olan etkisini açıklayabilir
4 1309440 Post-translasyonel modifikasyonları tanımlayabilir
5 1309441 Farklı protein etkileşimlerinin protein işlevi ile olan ilişkisini açıklayabilir
6 1309442 Protein yanlış katlanması ve agregasyonu ile hastalıklar arasındaki ilişkiyi kurabilir
7 1309443 Protein analizinde kullanılan farklı yöntemleri açıklayabilir
8 1309444 Protein dizi ve yapı analizinde kullanılan farklı biyoinformatik araçları kullanabilir

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama
1 67202 Tıbbi biyoloji ve genetik alanlarındaki ulusal ve uluslar arası veri tabanlarına ulaşabilir.
3 67200 Hastalıkların kümelenmelerinin farkına varıp neden-sonuç ilişkilendirme çalışmaları yapabilir.
4 67203 Tıbbi biyoloji ve genetik alanında bilimsel, teknolojik, sosyal veya kültürel ilerlemeleri tanıtarak, yaşadığı toplumun bilgi toplumu olma ve bunu sürdürebilme sürecine katkıda bulunabilme.
5 67204 Hastalıklarla ilgili sorular sorup, yanıtlarını araştırmak için hipotezler kurabilir
6 67205 Tıbbi biyoloji ve genetik alanında bilimsel, teknolojik, sosyal veya kültürel ilerlemeleri tanıtarak, yaşadığı toplumun bilgi toplumu olma ve bunu sürdürebilme sürecine katkıda bulunabilme.
7 67199 Canlıların temel ortak yönlerini hem hücresel hem de moleküler seviyede bilir. Türlerin ortak atadan nasıl evrimleştiklerini bilir ve anlatabilir. Evrimin bilim ve bilimsel gelişmenin merkezinde yer aldığını kavrar.

Ögrenme Çıktı Matrisi

Program Çıktısı
1 3 4 5 6 7
Öğrenme Çıktısı
1 4 5 5 4 4 5
2 5 4 4 5 4 4
3 4 5 4 3 5 5
4 4 4 5 5 4 4
5 5 5 4 4 5 4
6 4 4 5 4 4 4
7 5 5 4 4 4 5
8 4 4 5 5 5 4
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek