Ders Öğretim Planı

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü Yıl Dönem AKTS
VMK608 Moleküler İdentifikasyon ve Tiplenme Yöntemleri 927003 1 1 6

Dersin Amacı

Bakterilerin identifikasyonunda kullanılan moleküler yöntemler ile beraber bakterilerin moleküler tiplendirilmesinin uygulamalı olarak anlatıldığı bir derstir.

Dersin Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri

Doç.Dr. Arzu FINDIK

Ön Koşul Dersleri

Yok

Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

1. Abigail, A., Salyers D., Whitt, D. (1994): Bacterial Pathogenesis: A Molecular Approach, ASM Press, Washington, D.C. 2. Arda, M, (1995): Biyoteknoloji (Bazi Temel İlkeler). Kükem Derneği Bilimsel Yayınlar No:3, Ankara. 3. Çevik, A. M. (1994): PCR ve İnfeksiyon Hastalıklarda Kullanımı. Seminer, Ankara Hastanesi Klinik Mikrobiyoloji ve İnfeksiyon Hastalıkları Bölümü. 4. Çiftci, A. (2003): Antimikrobiyel Direncin Genetik Metotlar ile Saptanması. Orlab On-Line Mikrobiyoloji Dergisi.1:22-28. 5. Eisentein, I. B. (1990): New Molecular Techniques for Microbiai Epidemiology and The Diagnosis of Infectious Diseases. J.Inf.Dis, 161:595-602. 6. Rodriguez, J. M. (1997): Detection Of Pathogens By Using The Polymerase Chain Reaction (PCR). Vet.J.,153:287-305. 7. Xu, L., Larzul, D. (1991): The Polymerase Chain Reaction: Basic methodology And Applications. Comp.Immun.Microbiol.Infect.Dis., 14:209-221.

Dersin Sunulduğu Dil

Türkçe

Staj Durumu

Yok

Dersin İçeriği

Dersin içeriğini DNA ve RNA tespitine dayanan PCR tabanlı moleküler yöntemler ve varyasyonları ile beraber genomik ve proteomik tiplendirme yöntemleri oluşturmaktadır.

Değerlendirme

# Etkinlikler Adet Yuzde Katkısı Yarıyıl İci Etkinlik Yıl Sonu Etkinlik
90 Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 0 40
91 Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 0 60
1 Ara Sınav 1 100 1
2 Final Sınavı 1 100 1

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
1 Ara Sınav 1 2 2
2 Final Sınavı 1 2 2
5 Derse Katılım 16 4 64
6 Uygulama/Pratik 16 1 16
7 Laboratuvar 16 1 16
10 Tartışma 16 1 16
19 Beyin Fırtınası 16 1 16
49 Performans 16 1 16
54 Ev Ödevi 4 2 8

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Nükleik asitler ve önemi
2 Polimeraz zincir reaksiyonu ( PZR, PCR)-1
3 Polimeraz zincir reaksiyonu ( PZR, PCR)-2
4 Bir PZR’nin Yapılışı ve Prensipleri-1
5 Bir PZR’nin Yapılışı ve Prensipleri-2
6 Hot Start PZR,In Situ PZR,Invers (Tersine Dönmüş) PZR
7 Multipleks PZR
8 Nested PZR
9 Reverse-tranktriptaz PCR
10 Real-time PCR
11 PZR ile hayvan patojenlerinin saptanması
12 Moleküler tiplendirme ve önemi
13 Konvensiyonel tiplendirme yöntemleri
14 Protein tabanlı tiplendirme yöntemleri
15 DNA tabanlı tiplendirme yöntemleri
16 PFGE

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1423465 Bakterilerin identifikasyonunda kullanılan PCR tabanlı moleküler testleri uygulayabilecek ve yorumlayabileceklerdir.
2 1423578 Bakterilerin tiplendirilmesinde kullanılan protein ve PCR tabanlı moleküler testleri uygulayabilecek ve yorumlayabileceklerdir.

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama
1 75992 Mikrobiyoloji alanında bilimsel altyapıyı oluşturmak, öğrenciye bağımsız araştırma yapma, bilimsel olayları geniş ve derin bir bakış açısı ile irdeleyerek yorum yapma ve yeni sentezlere ulaşmak için gerekli adımları belirleme yeteneği kazandırmaktır.
2 75993 Temel araştırmaların yanı sıra patente konu olabilecek endüstriye yönelik çalışmaların planlanması, üniversitelerde yürütülen araştırmaların sanayinin problemleri ile örtüşmesi, problemlere çözüm getirmesi, Sanayi-üniversite ilişkilerinin güçlendirilmesi gibi konulara önem verilmesi sağlanacaktır.
3 75999 Bu program ile ülke genelinde Tarım Bakanlığı, serbest ve özel sektörde çalışan Veteriner Hekimlerin, Mikrobiyoloji alanında karşılaştıkları sorunların ortaya konulması, mevcut problemlerde çözüm yollarının araştırılması ve olaylara bilimsel ve etkin yaklaşım metotlarının geliştirilmesi sağlanabilecektir.
4 75973 Bakterilerin üretilmesinde kullanılan besiyerlerini hazırlayabilme, bakterilerin identifikasyonunda kullanılan boyama teknikleri ile biyokimyasal testlerini ve antibiyogram testini uygulayabilme ve yorumlayabilme, katı ve sıvı kültürlerdeki bakteri sayısını hesaplayabilme becerisini kazanması
5 75974 İnfeksiyöz etkenlerin izolasyonu amacıyla marazi maddelerden bakterileri izole ve identifiye edebilme, serolojik tekniklerı kullanarak izolatları identifiye edebilme, hastalık etkenlerinin ve/veya hastalıkların tanısında sırasıyla faj duyarlılık testleri ve hayvan deneylerini uygulayabilme becerisini kazanması
6 75975 İnfeksiyöz hastalıkların serolojik tanısında yararlanılan testlerde kullanılacak tüm hücre ve sonike antijenlerin hazırlanması, elde edilen antijenlerin titrasyonu, pozitif kontrol olarak kullanılacak immun ve hiperimmun serumların hazırlanması ve titrasyonu, ve infeksiyöz hastalıkların indirekt tanısında kullanılan serolojik teknikleri uygulama ve yorumlayabilme becerisini kazanması.
7 75976 Kanatlı hayvanların non-infeksiyöz ve infeksiyoz karakterdeki bakteriyel, viral, mikotik ve paraziter hastalıklarının teşhisine yönelik olarak klinik, nekropsi ve laboratuvar muayenelerini uygulayabilme becerisini kazanması
8 75977 Bakteri ve virusların izolasyonu için gerekli olan canlı ve cansız ortamları hazırlayabilmesi, sterilizasyon ve dezenfeksiyon işlemlerini yapabilmesi
9 75978 Bakteriyel izolatların moleküler tiplendirmesini yapabilme
10 75979 Kazanılan teorik bilgilerin pratiğe ve saha koşullarına aktarılarak hastalık etkenlerini ve hastalıkları tanıyabilmesi.
11 75988 Araştırma ve üretim faaliyetlerinde rol alma
12 75980 Laboratuvar koşullarında bakterileri izole ve identifiye edebilme, duyarlı oldukları antibiyotikleri saptayabilme ve kültürlerdeki bakteri miktarını hesaplayabilme.
13 75989 İnfeksiyöz hastalıklara karşı eradikasyon yöntemleri geliştirebilme
14 75990 Moleküler diyagnostik de kullanılabilecek ürünlerin geliştirilmesi
15 75994 Hayvanlarda meydana gelen immunolojik olayların yorumlanması
16 75991 Aşı etkinliklerinin tespiti amacıyla antijenlerin tespiti ve üretimi
17 75995 Bakteriyel infeksiyonlarda ortaya çıkabilecek antibiyotik dirençliliğini ve bunun doğuracağı sonuçları yorumlayabilmesi
18 75996 Enfeksiyöz hayvan hastalıklarına karşı korunmada aşılama stratejilerini planlanması ve oluşturulması
19 75997 Ülke çapında veya bölgesel düzeyde epidemiyolojik araştırma yapabilmesi
20 75998 Laboratuvar hayvanlarında patojenite, toksijenite, immunojenite testlerini yapabilmeli ve aşı etkinliklerini takip edebilmelidir
21 76000 Konusuyla ilgili alanda kesin bilgilere ulaşabileceği web adreslerini ve referans merkezleri takip edebilme yetkinliğine sahip olma
22 75986 Uzmanlık alanı ile ilgili kurslar, panel, sempozyum ve kongre düzenleyebilme
23 75987 Alanı ile ilgili dernek, kuruluş ve ilgili birimler ile temas halinde bulunabilme
24 75981 Enfeksiyöz etkenlerin izolasyonu amacıyla marazi maddelerden inokulasyon yapabilme, serolojik tekniklerı kullanarak izolatları identifiye edebilme, hastalık etkenlerinin ve hastalıkların tanısında sırasıyla faj duyarlılık testleri ve hayvan deneylerini uygulayabilme becerisini kazanması
25 75982 Kendi başına literatüre değerlendirebilme yeterliliğine sahip olması
26 75983 Bakteriyel izolatların moleküler tiplendirmesini yapabilme
27 75984 İnaktif bakteriyel aşıları hazırlayabilme becerisine sahip olması ve atenüe aşıların nasıl hazırlandığını bilmesi
28 75985 Veteriner mikrobiyoloji, immunoloji alanında uzmanlık düzeyindeki bilgileri kullanarak, toplum ve hayvan sağlığını ilgilendiren konularda bölgesel veya uluslararası düzeyde ilgili kurullarda sorunun tanımlanması ve çözüm önerilerine ilişkin bilgilerin verilmesi ve etkinliklerin düzenlenmesi

Ögrenme Çıktı Matrisi

Program Çıktısı
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28
Öğrenme Çıktısı
1 5 2 2 5 3 4 5 2 3 1 5
2 5 2 2 5 3 4 4 5 2 3 1 5
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek