Ders Öğretim Planı

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü Yıl Dönem AKTS
TBT708 Bitkilerde Genom ve Proteom Analizi 927003 1 2 7.5

Dersin Amacı

Bu ders son yıllarda gelişen fonksiyonel genom uygulamaları hakkında lisansüstü öğrencilerine bilgi aktarılmasını ve bitkilerde büyüme, gelişme, stres dayanıklılık gibi temel fizyolojik ve ıslah konularında hücresel mekanizmanın aydınlatılmasına yönelik bilgi birikimlerine katkı sağlamayı amaçlanmaktadır.

Dersin Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri

Yrd. Doç. Dr. Musa KAVAS

Ön Koşul Dersleri

Yok

Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

1. Functional Plant Genomics (Editors:J.-F. Morot-Gaudry, P.Lea, J.-F.Briat) 2. Genomics-Assisted Crop Improvement Volume 1 Genomics Approaches and Platforms (Editors:Rajeev K.Varshney, Roberto Tuberosa) 3. Regulation of Gene Expression in Plants The Role of Transcript Structure and Processing (Editors:Carole L.Bassett) 4. Pant Functional Genomics (Editors:Erich Grotewold)

Dersin Sunulduğu Dil

Türkçe

Staj Durumu

Yok

Dersin İçeriği

Bitki Genom Yapısı: Genom Büyüklüğü ve Çeşitliliği, Haploid genom büyüklüğü, Kromozom sayısı, büyüklüğü vb.Genom Analizi: Gen bölgeleri, Tekrar bölgeleri Klonlama Sistemleri ve Genom Dizileme: Vektör sistemleri, Plazmide dayalı vektörler, BAC (Bacterial Artificial Chromose) vektörler, cDNA ve BAC kütüphanesi oluşturma, Klonlama Tüm Genom Dizileme Yaklaşımları

Değerlendirme

# Etkinlikler Adet Yuzde Katkısı Yarıyıl İci Etkinlik Yıl Sonu Etkinlik
90 Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 0 40
91 Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 0 60
1 Ara Sınav 1 50 1
4 Quiz 4 25 1
34 Okuma 6 25 1
2 Final Sınavı 1 100 1

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
1 Ara Sınav 1 2 2
2 Final Sınavı 1 2 2
4 Quiz 4 3 12
32 Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 35 35
33 Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 40 40
34 Okuma 6 4 24

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Bitki Genom Yapısı: Genom Büyüklüğü ve Çeşitliliği, Haploid genom büyüklüğü, Kromozom sayısı, büyüklüğü vb.
2 Genom Analizi: Gen bölgeleri, Tekrar bölgeleri
3 Klonlama Sistemleri ve Genom Dizileme: Vektör sistemleri, Plazmide dayalı vektörler, BAC (Bacterial Artificial Chromose) vektörler, cDNA ve BAC kütüphanesi oluşturma, Klonlama
4 Tüm Genom ve Transcriptom Dizileme Yaklaşımları
5 Bitki Genom Projelerine Genel Bakış: Arabidopsis, Pirinç, Buğday, Fasülye, Zeytin
6 Bitkilerde Gen İfadesi ve Analizleri: Gen İfadesi Analizleri (cDNA-AFLP, EST vb) Mikrodizin (Mikroarray), RNA dizileme aşamaları, sonuç değerlendirme)
7 Arasınav
8 Bitkilerde Ters Genetik Çalışmaları: Mutagenezis, RNAi (RNA interference)
9 Model Bitkilerde Yürütülen Fonksiyonel Genom Bilimi Araştırmaları: Dikotiledon model( Arabidopsis), Monokotiledon model (Buğday)
10 Model Bitkilerde Yürütülen Fonksiyonel Genom Bilimi Araştırmaları: Zeytin
11 Model Bitkilerde Yürütülen Fonksiyonel Genom Bilimi Araştırmaları: Fındık
12 Model Bitkilerde Yürütülen Fonksiyonel Genom Bilimi Araştırmaları: Fasülye
13 Bitki Genom ve Fonksiyonel Genom Veri Tabanları.
14 Bitki Genom ve Fonksiyonel Genom Veri Tabanları.
15 Transgenik Bitkiler: Gen transfer teknikleri, Transgen analizleri (PCR, eş zamanlı PCR, Northern Blot vb)
16 Final sınavı

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1213460 Bitkilerdeki temel moleküler kavramlar hakkında bilgi sahibi olur
2 1213476 Genomiks ve Proteomiks uygulamarı hakkında bilgi sahibi olur
3 1213485 Uygulamalı olarak genomiks ve proteomiks analizlerini gerçekleştirebilir
4 1213551 Biyoinformatik alanında temel bilgiye sahip olur

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama