Ders Öğretim Planı

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü Yıl Dönem AKTS
TBT714 Mikrobiyal-Omik Teknolojileri 927003 1 2 8

Dersin Amacı

Bu derste öğrencilere biyoteknolojik ve endüstriyel öneme sahip olan mikroorganizmaların genetik yapısının aydınlatılması, gen işleyiş mekanizmalarının ve gen ifade ürünlerinin belirlenmesini sağlayan uygulamaların öğretilmesi, biyoteknolojik açıdan değerli maddelerin keşfine olanak sağlayan metagenomik ve metabolomik konuları hakkında öğrencilerin bilgi sahibi olmaları ve kazandıkları bilgi ve deneyimlerini kendi bilimsel çalışmalarına uygulayabilmeleri ile orijinal fikirler üretebilmelerine katkı sağlamak amaçlanmaktadır.

Dersin Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri

Doç. Dr. Aslıhan KURT KIZILDOĞAN

Ön Koşul Dersleri

-

Önerilen Diğer Hususlar

-

Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

• Zhou J., Thompson D.K., Xu Y., Tiedje J.M. Microbial Functional Genomics. 2004, str.: 624. ISBN: 0471071900; Wiley-Liss. • Twyman R.M. Principles of Proteomics. 2004, str.: 350. ISBN: 1859962734, BIOS Scientific Publishers • Metabolomics: Methods and protocols, Wolfram Weckwerth,, Humana press 2007. • Microbial proteomics. Functional Biology of Whole organisms. 2006. Ian Humpher-Smith, Michael Hecker, Wiley • Metagenomics: Sequences from the Environment Bethesda (MD): National Center for Biotechnology Information (US); 2006. Güncel araştırma makaleleri

Dersin Sunulduğu Dil

Türkçe

Staj Durumu

-

Dersin İçeriği

Mikrobiyal genom ve organizasyonu, gen transferleri, genom haritalama, yeni nesil dizileme yöntemleri biyoinformatik, mikroarray, RNASeq, proteomik tekniği ve uygulamaları, metagenomik &metabolomik: endüstriyel ve biyoteknolojik önemleri ve uygulama alanları

Değerlendirme

# Etkinlikler Adet Yuzde Katkısı Yarıyıl İci Etkinlik Yıl Sonu Etkinlik
90 Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 1 40
91 Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 1 60
1 Ara Sınav 1 50 1
4 Quiz 1 10 1
48 Sözlü Sınav 1 20 1
54 Ev Ödevi 1 20 1
2 Final Sınavı 1 60 1
41 Proje Sunma 1 40 1

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
1 Ara Sınav 1 4 4
2 Final Sınavı 1 5 5
4 Quiz 14 1 14
5 Derse Katılım 14 3 42
6 Uygulama/Pratik 14 1 14
7 Laboratuvar 14 2 28
28 Makale Kritik Etme 5 1 5
32 Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 15 15
33 Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 20 20
34 Okuma 14 2 28
52 Quiz için Bireysel Çalışma 14 1 14

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Bakteri kromozom yapısı ve organizasyonu
2 Ortolog genler, Horizontal gen transferi, gen duplikasyonu, minimal gen kümesi
3 Genomun fragmentasyonu ve haritalanması
4 Yeni nesil sekanslama yöntemleri
5 Gen annotasyonu, biyoinformatik analizler
6 Transkriptomik; gen fonksiyonu ve regülasyonunun belirlenmesi
7 Mikrodizi tekniği, mikroorganizmalarda uygulama alanları ve örnek çalışmalar
8 RNASeq tekniği, mikroroganizmalarda uygulama alanları ve örnek çalışmalar
9 Mikrobiyal proteom tanımı, kullanım amacı
10 Proteomik araçları: veritabanları- kütle spektrometrisi-yazılımlar-protein ayırma teknikleri
11 Proteomik uygulamaları: mining, protein ifade profili, protein network haritalama, protein modifikasyonlarının haritalanması
12 Metagenomik tanımı, amacı ve mikrobiyal uygulama alanları
13 Metagenomik: Bitki rizosferi, deniz suları ve hayvan mide içeriğinin örneklenmesi ve biyoteknolojik kazanımlar
14 Metabolomik: biyoteknolojik açıdan önemli mikrobiyal enzim ve metabolitlerin keşfi

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1289216 Bakteri genom organizasyonunu öğrenme
2 1289217 Yeni nesil dizileme yöntemleri hakkında bilgi sahibi olma
3 1289218 Mikrodizi, RNA dizileme ve tranbskriptom çalışmalarını ve bunların mikroorganizmalar üzerindeki uygulamalarını öğrenme
4 1289219 Mikrobiyal proteomu öğrenme, kullanılan teknik ve veritabanları hakkında bilgi sahibi olma
5 1289220 Metagenomik, metabolomik kavramlarını öğrenme; biyoteknolojik uygulamaları hakkında bilgi sahibi olma

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama