Ders Öğretim Planı

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü Yıl Dönem AKTS
TBT404 Biyoinformatik 927001 4 8 4

Dersin Amacı

Öğrencilere biyoinformatiğin temellerinin ve bunların bitkisel ve hayvansal üretimin geliştirilmesine nasıl uygulanacağını öğretmeyi amaçlar.

Dersin Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri

Assoc.Prof.Dr.Musa KAVAS

Ön Koşul Dersleri

Yok

Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Dersin Sunulduğu Dil

İngilizce

Staj Durumu

Yok

Dersin İçeriği

Moleküler Biyolojinin temel ilkeleri, Biyoinformatiğe giriş, Dizileme, Veri bankaları, Nükleik asit dizi analizleri, Protein dizi analisleri, Filogenetik analizler

Değerlendirme

# Etkinlikler Adet Yuzde Katkısı Yarıyıl İci Etkinlik Yıl Sonu Etkinlik
90 Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 0 60
91 Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 0 40
1 Ara Sınav 1 50 1
4 Quiz 2 20 1
46 Laboratuvar Ara Sınavı 1 30 1
2 Final Sınavı 1 100 1

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
1 Ara Sınav 1 2 2
2 Final Sınavı 1 2 2
5 Derse Katılım 14 2 28
32 Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 30 30
33 Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 40 40
46 Laboratuvar Ara Sınavı 1 3 3

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Moleküler biyolojide temel kavramlar
2 Biyoinformatiğin tanımı, tarihçesi ve önemi
3 NCBI araçları, EBI araçları ve temel uygulamalar
4 Veri tabanları: DNA, Genome , Protein
5 Dizi hizalamaları: Alignment, BLAST
6 Motif ve domain taramaları
7 Genom dizilemeleri ve zirai uygulamaları
8 Arasınav
9 Genom dizilemeleri ve zirai uygulamaları
10 Genlerin tahmini ve atıflandırılması
11 KEGG, DAVID, BioCyc, ENTREZ, ExPASy
12 Mikroarray analizleri
13 RNA dizileme analizleri
14 RNA dizileme analizleri
15 Transcriptome, Proteome, Metabolome veri tabanları
16 Final sınavı

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1238675 Protein ve DNA dizilerinin karşılaştırmasını yapar
2 1238676 İlgili algoritmları kullanarak ve gen atıflandırması yaparak genom analizlerini gerçekleştiri
3 1238677 Proteinlerin modellemesi, karşılaştırrılması ve tanımlanması için gerekli bilgiyi edinir
4 1238678 Biyolojik veri tabanlarının yapısı ve kullanımı hakkında pratik bilgiye sahip olur

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama
1 64056 Daha önceki öğretim hayatında kazanılan yeterlikler üzerine ekonomik anlamda yapılan tarımsal üretim için gerekli olan kuramsal bilgilere sahiptir.
2 64057 Tarımsal faaliyeti içinde yer alan ve ekonomik üretimi yapılan tarımla ilgili ıslah, genetik gelişim, üreme, genetik mühendisliği, endüstriyel üretim, bitkisel, hayvansal ve mikrobiyal teknolojik yaklaşımlar, enzim teknolojisi konularında gerekli bilgiye sahiptir.
3 64060 Biyoteknoloji eğitim alanında edindiği kuramsal ve uygulamalı bilgileri kullanabilir. Biyoteknoloji ile ilgili kavram ve düşünceleri bilimsel yöntemlerle inceleyebilir, yorumlayabilir, çözüm üretebilir.
4 64061 Biyoteknolojik konularla ilgili olarak karşılaşacağı sorunların tespit edebilir, elde ettiği verileri analiz edebilir, elde ettiği sonuçları yorumlayabilir.
5 64062 Biyoteknoloji alanında ileri düzeydeki bir çalışmayı bağımsız olarak yürütebilir.
6 64064 Sorumluluğu altında çalışan proje ekibinin çalışmalarını planlayabilir, yönetebilir ve ihtiyaç duyduğu doğru bilgiye hızlı ve güvenilir bir şekilde ulaşabilir.
7 64065 Yaşam boyu öğrenme gereçlerinin ve sistemlerinin farkındadır ve etkin olarak kullanabilir. İçinde bulunduğu sosyal çevre ile iletişim kurar, faydalı projeler üretir ve uygular
8 64066 Biyoteknoloji alanındaki ve yaşadığı sosyal çevre içerisindeki sorunlar hakkındaki düşünce ve önerilerini aktarmak amacıyla, Türkçe ve en az bir yabancı dilde (Avrupa Dil Potföyü Genel Düzeyi: B1 Düzeyi) etkin olarak sözlü ve yazılı iletişim kurabilme becerisine sahiptir.
9 64058 Tohum teknolojisinde girişimcilik yapabilir ve DNA testleriyle ilgili tarım, çevre ve tıp alanında çalışabilir
10 64063 Sorunların çözümünde bireysel ekip üyesi olarak sorumluluk alabilir.
11 64059 Bitki, hayvan ve mikrobiyoloji alanda girişimcilik yapabilir ve Enzim ve gen teknolojilerinde proje üretebilir

Ögrenme Çıktı Matrisi

Program Çıktısı
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11
Öğrenme Çıktısı
1 2 3 3 4 4 3 4 3 4 3 4
2 2 5 4 5 4 3 3 4 4 3 3
3 2 4 3 3 3 4 5 2 2 2 2
4 3 3 2 3 3 2 2 3 2 3 3
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek