Ders Öğretim Planı

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü Yıl Dönem AKTS
TBT404 Biyoinformatik 927001 4 8 4

Dersin Amacı

Bu ders kapsamında, biyolojik veritabanlarının ve bazı biyoinformatik araç ve yaklaşımların DNA-RNA ve protein arasındaki bilgi akışının daha iyi anlaşılabilmesi amacıyla araştırılması ve tartışılması amaçlanmaktadır. Ek olarak, dizilerin karşılaştırılması, filogenetik ağaç kurulumu, türler arasındaki uzaklığın hesaplanması, mikroarray verilerinin değerlendirilmesi, genomik ve proteomik yaklaşımlar bu dersin kapsamındadır.

Dersin Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri

Doç. Dr. Musa KAVAS

Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

Biyoinformatik Temelleri ve Uygulamaları. Kastamonu Üniversitesi Basımevi, Basım sayısı: 1, Sayfa Sayısı 322, ISBN:978-605-4697-19-9,

Dersin Sunulduğu Dil

Türkçe

Dersin İçeriği

Biyoinformatiğe giriş, Biyolojik bilgi çeşitleri, hizalama programları, bioinformatikte kullanılan dosya formatları, blast çeşitleri, gen ifadesinin analiz yöntemleri, yeni nesil dizileme sistemleri

Değerlendirme

# Etkinlikler Adet Yuzde Katkısı Yarıyıl İci Etkinlik Yıl Sonu Etkinlik
90 Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 1 60
91 Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 1 40
1 Ara Sınav 1 40 1
4 Quiz 1 20 1
46 Laboratuvar Ara Sınavı 1 30 1
2 Final Sınavı 1 100 1

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
4 Quiz 2 1 2
32 Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 35 35
33 Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 40 40
46 Laboratuvar Ara Sınavı 1 3 3
52 Quiz için Bireysel Çalışma 2 10 20

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Biyoinformatiğe giriş biyoinformatik 25 subat.ppt
2 Santral dogma ve biyoinformatik analizlerde kullanılan biyolojik bilgi çeşitleri Biyoinformatik son.pptx
3 BLAST ve çeşitleri Blast.ppt
4 Uygulamalı BLAST analizleri Blast.ppt
5 Çoklu DNA/protein dizisinin karşılaştırılması: alignment Blast.ppt
Çoklu Dizi Hizalama.pptx
6 Veri tabanları veri tabanlarına giriş.ppt
7 Ara sınav Ara sınav
8 Galaxy ve Cyverse gibi bulut sistemlerinin biyoinformatik analizlerde kullanımı Galaxy ve Cyverse gibi bulut sistemlerin Biyoinformatik analizlerde.pptx
9 Galaxy üzerinde SRA ve FastaQ dosyalarını tanıma ve işleyebilme
10 Galaxy server üzerinde genom analizleri
11 De novo ve referans tabanlı RNA seq analizleri
12 De novo ve referans tabanlı RNA seq analizleri
13 Moleküler filogeni
14 Protein domain taraması Protein Yapısı ve analizi.ppt
15 Final

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1335725 Biyolojik veritabanlarının temellerinin anlama ve moleküler biyoloji ve genetik kapsamında kullanılabilme
2 1335726 İki veya daha fazla dizi için karşılaştırma araçlarının tanımlanabilmesi ve benzerlik/uyumsuzluk durumunun tartışılabilmesi
3 1335727 Verilen diziler için filogenetik ağaç oluşturabilme ve türler arasındaki uzaklığı tartışabilme
4 1335731 Protein-RNA ve DNA arasındaki bilgi akışını anlayabilme ve büyük ölçekli biyolojik verilerin çeşitli biyoinformatik temelli araçlar kullanarak analiz edebilme

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama
1 64056 Daha önceki öğretim hayatında kazanılan yeterlikler üzerine ekonomik anlamda yapılan tarımsal üretim için gerekli olan kuramsal bilgilere sahiptir.
2 64057 Tarımsal faaliyeti içinde yer alan ve ekonomik üretimi yapılan tarımla ilgili ıslah, genetik gelişim, üreme, genetik mühendisliği, endüstriyel üretim, bitkisel, hayvansal ve mikrobiyal teknolojik yaklaşımlar, enzim teknolojisi konularında gerekli bilgiye sahiptir.
3 64060 Biyoteknoloji eğitim alanında edindiği kuramsal ve uygulamalı bilgileri kullanabilir. Biyoteknoloji ile ilgili kavram ve düşünceleri bilimsel yöntemlerle inceleyebilir, yorumlayabilir, çözüm üretebilir.
4 64061 Biyoteknolojik konularla ilgili olarak karşılaşacağı sorunların tespit edebilir, elde ettiği verileri analiz edebilir, elde ettiği sonuçları yorumlayabilir.
5 64062 Biyoteknoloji alanında ileri düzeydeki bir çalışmayı bağımsız olarak yürütebilir.
6 64058 Tohum teknolojisinde girişimcilik yapabilir ve DNA testleriyle ilgili tarım, çevre ve tıp alanında çalışabilir
7 64063 Sorunların çözümünde bireysel ekip üyesi olarak sorumluluk alabilir.
8 64059 Bitki, hayvan ve mikrobiyoloji alanda girişimcilik yapabilir ve Enzim ve gen teknolojilerinde proje üretebilir
9 64064 Sorumluluğu altında çalışan proje ekibinin çalışmalarını planlayabilir, yönetebilir ve ihtiyaç duyduğu doğru bilgiye hızlı ve güvenilir bir şekilde ulaşabilir.
10 64065 Yaşam boyu öğrenme gereçlerinin ve sistemlerinin farkındadır ve etkin olarak kullanabilir. İçinde bulunduğu sosyal çevre ile iletişim kurar, faydalı projeler üretir ve uygular
11 64066 Biyoteknoloji alanındaki ve yaşadığı sosyal çevre içerisindeki sorunlar hakkındaki düşünce ve önerilerini aktarmak amacıyla, Türkçe ve en az bir yabancı dilde (Avrupa Dil Potföyü Genel Düzeyi: B1 Düzeyi) etkin olarak sözlü ve yazılı iletişim kurabilme becerisine sahiptir.

Ögrenme Çıktı Matrisi

Program Çıktısı
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11
Öğrenme Çıktısı
1 3 4 4 5 3 4 4 4 5 5 3
2 4 5 4 3 5 4 5 3 2 4 5
3 5 5 3 5 3 5 5 5 3 4 4
4 3 5 4 5 5 2 5 5 5 5 3
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek