Ders Öğretim Planı

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü Yıl Dönem AKTS
FMBG621 Metagenomik 927003 1 1 7.5

Dersin Amacı

Kültüvasyonları mümkün olmayan ya da henüz kültüve edilmemiş organizmalardaki genetik potansiyelin ekolojik ve biyoteknolojik çalışmalar için araştırılmasında kilit bir teknoloji olan metagenomiğin kavranması ve metagenomik çalışmalarda kullanılan metodların incelenmesi.

Dersin Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri

Dr. Öğretim Üyesi Ali Osman Adıgüzel

Ön Koşul Dersleri

Yok

Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

Metagenomics, Methods and Protocols, Second Edition Edited by Wolfgang R. Streit and Rolf Daniel, Humana Press, 2017.

Dersin Sunulduğu Dil

Türkçe

Staj Durumu

Yok

Dersin İçeriği

Metagenomiğin tanımı ve kullanım alanlarının açıklanması. Toprak, su, katı yüzeyler gibi farklı habitatlardan DNA ve RNA ların izolasyon yöntemlerinin öğrenilmesi, metagenomik kütüphanelerin hazırlanması, gen temelli mikrobiyal çeşitliliğin belirlenmesi, metagenomik kütüphanelerden fonksiyonel proteinlerin taranması, ve ifade edilmesi.

Değerlendirme

# Etkinlikler Adet Yuzde Katkısı Yarıyıl İci Etkinlik Yıl Sonu Etkinlik
90 Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 0 40
91 Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 0 60
1 Ara Sınav 1 100 1
2 Final Sınavı 1 100 1

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
1 Ara Sınav 1 3 3
2 Final Sınavı 1 3 3
5 Derse Katılım 12 3 36
22 Proje Hazırlama 4 7 28
23 Proje Sunma 3 3 9
32 Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 4 7 28
33 Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 5 7 35
54 Ev Ödevi 6 7 42

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Metagenomiğin tanımı, önemi ve kullanım alanları - -
2 Farklı habitatlardan DNA izolasyon metodları - -
3 Küçük-insört metagenomik DNA kütüphanelerinin oluşturulması - -
4 Büyük-insört metagenomik DNA kütüphanelerinin oluşturulması - -
5 Ekstrem çevrelerden metagenomik DNA kütüphanelerinin oluşturulması
6 Metagenomik kütüphanelerde fonksiyonel protein kodlayan genlerin aktivite temelli taranması - -
7 Metagenomik kütüphanelerde fonksiyonel protein kodlayan genlerin aktivite temelli taranması (dersin devamı)
8 Metagenomik kütüphanelerde fonksiyonel protein kodlayan genlerin PCR temelli taranması
9 Ara sınav
10 Fonksiyonel metagenomik çalışmalarda ifade sistemleri
11 Fonksiyonel metagenomik çalışmalarda ifade sistemleri
12 Mikrobiyal kominite analizleri
13 Mikrobiyal kominite analizleri
14 Final sınavı

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1537725 Çevresel DNA ve RNA’ların ekstraksiyonunda kullanılan tekniklerin öğrenilmesi
2 1537726 Metagenomik kütüphanelerin hazırlanmasında kullanılan vektörlerin öğrenilmesi
3 1537727 Metagenomik kütüphanelerin hazırlanmasının öğrenilmesi
4 1537728 Metagenomik kütüphanelerin taranmasında kullanılan yöntemlerin öğrenilmesi
5 1537729 Metagenomik verilerin değerlendirilmesinin öğrenilmesi

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama
1 78041 Alanının gelişmesinde yer alan önemli kişileri, olay ve olguları, alanının uygulamalarına etkileri açısından değerlendirebilir
2 78042 Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uygulanması ve duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerleri gözeterek denetler ve bu değerleri öğretebilir
3 78043 Moleküler biyoloji ve genetik ile ilgili bilimsel süreçlerin temel işleyişlerini ve teorik temellerini açıklar
4 78044 Dünya çapındaki moleküler biyoloji ve moleküler genetik literatürünü okur ve eleştirel bir bakışla literatürde bulunan eksikleri ve problemleri tespit eder
5 78050 Eğitim, endüstri, tarım, sağlık, çevre, enerji ve biyoteknoloji alanlarında disiplinler arası çalışmalara katılır ve diğer disiplinlerin problemleri içindeki moleküler biyoloji ve genetik ögelerini tanır ve açıklar
6 78045 Moleküler biyoloji ve moleküler genetik ile ilgili problemlerin çözümüne yönelik hipotez kurar, uygun istatistiksel yöntemleri seçer ve en güncel deneysel yaklaşımlarla çözer
7 78046 Güncel teorik ve teknolojik gelişmeleri takip eder, yaşam boyu eğitimi kendisine amaç edinir
8 78047 Uzmanlaştığı alanda en az bir yabancı dilde sözlü ve yazılı iletişim kurabilir
9 78048 Alanı ile ilgili konularda strateji, politika ve uygulama planları geliştirir ve elde edilen sonuçları, kalite süreçleri çerçevesinde değerlendirir
10 78049 Moleküler biyoloji ve genetik alanındaki uygulamalarda, toplumsal ve evrensel değerlere duyarlı, ülkenin öncelikli alanlarını gözeten, araştıran ve bu konularda üretim yapan, katkı sağlayan, etik ve sorumluluk sahibidir

Ögrenme Çıktı Matrisi

Program Çıktısı
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
Öğrenme Çıktısı
1 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4
2 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4
3 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4
4 4 4 5 4 4 4 4 4 4 4
5 5 4 5 4 5 4 4 4 4 4
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek