Ders Öğretim Planı

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü Yıl Dönem AKTS
FMBG604 Biyoinformatik 927003 1 2 7.5

Dersin Amacı

Bu derste genom ve proteom veri arşivlerindeki bilgiye erişim ve bu veri arşivlerinin analizi için geliştirilen araçların kullanımı hakkında temel ve ileri düzeyde bilgi verilmesi amaçlanmaktadır.

Dersin Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri

Dr. Öğr. Üyesi Hilal AY

Ön Koşul Dersleri

Yok

Önerilen Diğer Hususlar

Biyoinformatik ile ilgili güncel literatür takip edilecektir. Ayrıca, öğrencilere teorik bilgilerini gerçek problemlere uygulama imkanı sunulacaktır.

Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

- Applied Bioinformatics: An Introduction. Paul M. Selzer, Richard J. Marhöfer, Oliver Koch. Springer, 2018. - Introduction to Bioinformatics. Arthur Lesk. Oxford, 2014. - Bioinformatics Research and Applications. Zhipeng Cai, Ovidiu Daescu, Min Li, Springer, 2017.

Dersin Sunulduğu Dil

Türkçe

Staj Durumu

Yok

Dersin İçeriği

Biyoinformatiğin biyolojik temelleri; biyolojik veri tabanları; dizi karşılaştırmaları ve dizi-temelli veri tabanı aramaları; ökaryotik genomların çözümlenmesi; protein yapıları ve yapı-temelli rasyonel ilaç tasarımı; genomların işlevsel analizi; karşılaştırmalı genom analizleri.

Değerlendirme

# Etkinlikler Adet Yuzde Katkısı Yarıyıl İci Etkinlik Yıl Sonu Etkinlik
90 Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 0 40
91 Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 0 60
1 Ara Sınav 1 50 1
6 Uygulama/Pratik 5 20 1
20 Rapor Hazırlama 3 30 1
2 Final Sınavı 1 50 1
38 Rapor Hazırlama 1 50 1

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
1 Ara Sınav 1 2 2
2 Final Sınavı 1 2 2
5 Derse Katılım 14 3 42
6 Uygulama/Pratik 10 3 30
9 Problem Çözümü 8 3 24
20 Rapor Hazırlama 4 2 8
32 Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 40 40
33 Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 40 40

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Biyoinformatiğin Biyolojik Temelleri
2 Bilimsel Yayınlar ve Veri Tabanları: Araçlar, İçerik ve Erişim
3 Biyolojik Veri Tabanları
4 Dizi Karşılaştırmaları ve Dizi-Temelli Veri Tabanı Aramaları
5 Hizalamalar ve Filogenetik Ağaçlar
6 Ökaryotik Genomların Çözümlenmesi
7 Protein Yapıları ve Protein-Temelli Rasyonel İlaç Tasarımı
8 Genomların İşlevsel Analizi
9 Ara Sınav
10 Karşılaştırmalı Genom Analizleri
11 Sistemler Biyolojisine Giriş
12 Metabolik Yolaklar
13 Gen İfadesi ve Düzenlenmesi
14 Final Sınavı
15 Final Sınavı

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1505904 Diziler, yapılar, etkileşimler, metabolizma ve düzenleme ile ilgili çalışmak için gereken genel moleküler biyoloji prensiplerini gözden geçirerek bir araya getirir.
2 1505905 Basit ve karmaşık genomların temel boyut, içerik ve organizasyon prensiplerini bilir.
3 1505906 Veri tabanı sorgularının nasıl oluşturulacağı da dahil olmak üzere temel veri erişim kavramlarını anlar.
4 1505907 Homoloji, benzerlik, kümelenme ve filogeni kavramlarını tanımlayabilir ve bu kavramları ayırt edebilir.
5 1505908 Başarılı bir ilaç için temel gereklilikleri bilir; ilaç keşfi ve tasarımı için kullanılan bazı yaklaşımları anlayabilir.
6 1505909 Mikrodizinlerden türetilen veriler ile bu verilerin gen ifade biçimlerinin çıkarımlanmasında ve yorumlanmasında uygulamalarına aşina olur.

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama
1 78041 Alanının gelişmesinde yer alan önemli kişileri, olay ve olguları, alanının uygulamalarına etkileri açısından değerlendirebilir
2 78042 Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uygulanması ve duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerleri gözeterek denetler ve bu değerleri öğretebilir
3 78043 Moleküler biyoloji ve genetik ile ilgili bilimsel süreçlerin temel işleyişlerini ve teorik temellerini açıklar
4 78044 Dünya çapındaki moleküler biyoloji ve moleküler genetik literatürünü okur ve eleştirel bir bakışla literatürde bulunan eksikleri ve problemleri tespit eder
5 78050 Eğitim, endüstri, tarım, sağlık, çevre, enerji ve biyoteknoloji alanlarında disiplinler arası çalışmalara katılır ve diğer disiplinlerin problemleri içindeki moleküler biyoloji ve genetik ögelerini tanır ve açıklar
6 78045 Moleküler biyoloji ve moleküler genetik ile ilgili problemlerin çözümüne yönelik hipotez kurar, uygun istatistiksel yöntemleri seçer ve en güncel deneysel yaklaşımlarla çözer
7 78046 Güncel teorik ve teknolojik gelişmeleri takip eder, yaşam boyu eğitimi kendisine amaç edinir
8 78047 Uzmanlaştığı alanda en az bir yabancı dilde sözlü ve yazılı iletişim kurabilir
9 78048 Alanı ile ilgili konularda strateji, politika ve uygulama planları geliştirir ve elde edilen sonuçları, kalite süreçleri çerçevesinde değerlendirir
10 78049 Moleküler biyoloji ve genetik alanındaki uygulamalarda, toplumsal ve evrensel değerlere duyarlı, ülkenin öncelikli alanlarını gözeten, araştıran ve bu konularda üretim yapan, katkı sağlayan, etik ve sorumluluk sahibidir

Ögrenme Çıktı Matrisi

Program Çıktısı
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
Öğrenme Çıktısı
1 4 3 5 5 5 4 5 1 3 2
2 2 4 5 4 4 4 4 1 3 2
3 2 5 5 5 4 5 5 1 4 3
4 2 2 5 4 5 4 4 2 3 2
5 2 5 5 4 4 5 5 1 3 4
6 2 3 5 5 4 5 4 1 3 2
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek