Ders Öğretim Planı

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü Yıl Dönem AKTS
FMBG625 Moleküler Etkileşim ve Sanal Tarama 927003 1 2 8

Dersin Amacı

Küçük moleküllerin makromoleküller hedefleri ile etkileşimlerinde bilgisayar ve biyoinformatik yaklaşımların kullanılması ve buradan elde edilen neticelerin işlenmesi, ilaç ve biyoteknolojide kullanılabilecek olası yeni moleküllerin belirlenmesi ve başlangıç optimizasyonu için oldukça sık kullanılmaktadır. Aslında günümüzde birçok yeni ilacın geliştirilmesinde yapıya bağımlı dizayn ve tarama teknikleri kullanılmıştır. HIV proteaz inhibitörleri bu tür yaklaşımla geliştirilmiş ilaçlara örnek olarak verilebilir. Bu derste küçük molekül protein etkileşimini ortaya çıkaran programların özellikleri çeşitli uygulamalar ile anlatılacaktır.

Dersin Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri

Dr. Öğr. Üyesi Tuğrul DORUK

Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

1) Böhm HJ, Schneider G, Kubinyi H, Mannhold R, Timmerman H (2008). Virtual Screening for Bioactive Molecules. Wiley. 2) Kontoyianni M (2017). Docking and Virtual Screening in Drug Discovery. Methods in molecular biology (Clifton, NJ) 1647:255-266

Dersin Sunulduğu Dil

Türkçe

Dersin İçeriği

İlaç keşifleri için yüksek verimli tarama (High throughput screening) ve sanal tarama (Virtual screening), Biyolojik hedeflerin yapıları, İlaç benzeri molekül tahminleri ve kimyasal kütüphanelerin tarama sistemleri, Moleküler etkileşim (Molecular Docking) sistemleri, Moleküler etkileşim analiz/sonuç tabloları.

Değerlendirme

# Etkinlikler Adet Yuzde Katkısı Yarıyıl İci Etkinlik Yıl Sonu Etkinlik
90 Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 1 40
91 Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 1 60
1 Ara Sınav 1 60 1
4 Quiz 2 40 1
2 Final Sınavı 1 100 1

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
1 Ara Sınav 1 2 2
2 Final Sınavı 1 2 2
3 Bütünleme Sınavı 1 2 2
4 Quiz 2 0 1
5 Derse Katılım 12 3 36
29 Bireysel Çalışma 1 48 48
32 Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 40 40
33 Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 40 40
52 Quiz için Bireysel Çalışma 2 6 12

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Moleküler etkileşim ve sanal taramaya giriş
2 Kimyasal kütüphaneleri
3 Sanal tarama için hedef hazırlama
4 Protein veritabanı
5 Sanal taramada moleküler etkileşim yöntemleri
6 Autodock vina
7 Vize sınavı
8 Bileşik-temelli sanal tarama
9 Homoloji modellerinde sanal tarama
10 Hedef-temelli sanal tarama
11 Sanal taramada fragman temelli yaklaşımlar
12 Sanal tarama uygulamaları
13 Yüksek verimli tarama
14 Final sınavı

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1312400 Moleküler etkileşimin temel kavramlarını tanımlar
2 1312401 Sanal tarama için hedef hazırlamayı açıklar
3 1312402 Sanal tarama için kullanılan programları tanımlar
4 1312403 Yüksek verimli tarama ve sanal taramanın ilaç keşfi için önemini açıklar
5 1312404 Kimyasal kütüphaneleri tarama yöntemlerinin tanımlar

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama
1 70329 Alanının gelişmesinde yer alan önemli kişileri, olay ve olguları, alanının uygulamalarına etkileri açısından değerlendirebilir
2 70330 Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uygulanması ve duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerleri gözeterek denetler ve bu değerleri öğretebilir
3 70331 Moleküler biyoloji ve genetik ile ilgili bilimsel süreçlerin temel işleyişlerini ve teorik temellerini açıklar
4 70332 Dünya çapındaki moleküler biyoloji ve moleküler genetik literatürünü okur ve eleştirel bir bakışla literatürde bulunan eksikleri ve problemleri tespit eder
5 70338 Eğitim, endüstri, tarım, sağlık, çevre, enerji ve biyoteknoloji alanlarında disiplinler arası çalışmalara katılır ve diğer disiplinlerin problemleri içindeki moleküler biyoloji ve genetik ögelerini tanır ve açıklar
6 70333 Moleküler biyoloji ve moleküler genetik ile ilgili problemlerin çözümüne yönelik hipotez kurar, uygun istatistiksel yöntemleri seçer ve en güncel deneysel yaklaşımlarla çözer
7 70334 Güncel teorik ve teknolojik gelişmeleri takip eder, yaşam boyu eğitimi kendisine amaç edinir
8 70335 Uzmanlaştığı alanda en az bir yabancı dilde sözlü ve yazılı iletişim kurabilir
9 70336 Alanı ile ilgili konularda strateji, politika ve uygulama planları geliştirir ve elde edilen sonuçları, kalite süreçleri çerçevesinde değerlendirir
10 70337 Moleküler biyoloji ve genetik alanındaki uygulamalarda, toplumsal ve evrensel değerlere duyarlı, ülkenin öncelikli alanlarını gözeten, araştıran ve bu konularda üretim yapan, katkı sağlayan, etik ve sorumluluk sahibidir

Ögrenme Çıktı Matrisi

Program Çıktısı
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
Öğrenme Çıktısı
1 1 2 5 3 3 4 2 1 1 1
2 1 2 5 3 3 4 2 1 1 1
3 1 2 5 3 3 4 2 1 1 1
4 1 2 5 3 3 4 2 1 1 1
5 1 2 5 3 3 4 2 1 1 1
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek