Ders Öğretim Planı

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü Yıl Dönem AKTS
FMBG630 Protein Trafiği 927003 1 2 7.5

Dersin Amacı

Bütün hücreler özel fonksiyonları gerçekleştiren proteinler içerirler. Bu proteinler hücre içinde farklı bölgelerde bulunabilir. Son araştırmalar hücre içinde proteinlerin yarısından fazlasının en az bir membrana yöneldiğini veya o membranı geçtiğini göstermektedir. Bu derste proteinlerin sentezlendikten sonraki yolculukları anlatılacaktır. Ders boyunca nasıl oluyor da proteinler hücre içinde istenilen bölgeye taşınıyor? bunu hangi mekanizmalar gerçekleştiriyor? bu trafiğin hücre ve yaşam için önemi nedir? sorularına yanıtlar aranacaktır.

Dersin Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri

Dr. Öğr. Üyesi Tuğrul DORUK

Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

1) Ross E. Dalbey, Gunnar von Heijne. (2002) Protein Targeting, Transport, and Translocation, Academic Press. 2) Pizarro L, Norambuena L (2014). Regulation of protein trafficking: posttranslational mechanisms and the unexplored transcriptional control. Plant science : an international journal of experimental plant biology 225:24-33

Dersin Sunulduğu Dil

Türkçe

Dersin İçeriği

Protein trafiğinin canlılık için önemi, Endoplazmik retikulum ve protein trafiği ilişkisi, Protein kalite kontrolü, Prokaryotlarda ve ökaryotlarda disülfit bağlarının oluşması, Mitokondriye protein trafiği, Kloroplastlara protein trafiği, Sinyal diziler, Protein trafiğinin tespiti için kullanılan yöntemler.

Değerlendirme

# Etkinlikler Adet Yuzde Katkısı Yarıyıl İci Etkinlik Yıl Sonu Etkinlik
90 Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 1 40
91 Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 1 60
1 Ara Sınav 1 60 1
4 Quiz 2 40 1
2 Final Sınavı 1 100 1

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
1 Ara Sınav 1 2 2
2 Final Sınavı 1 2 2
3 Bütünleme Sınavı 1 2 2
4 Quiz 2 0 1
5 Derse Katılım 12 3 36
28 Makale Kritik Etme 5 3 15
29 Bireysel Çalışma 5 5 25
32 Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 48 48
33 Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 48 48
52 Quiz için Bireysel Çalışma 2 6 12

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Protein Trafiğinde kullanılan yöntemler https://www.nature.com/collections/plrnblbjsk
https://www.khanacademy.org/science/biology/gene-expression-central-dogma/translation-polypeptides/a/protein-targeting-and-traffic
https://www.jove.com/methods-collections/229/current-research-methods-in-intracellular-trafficking
2 Sinyal sekanslar https://www.uniprot.org/help/signal
http://www.cryst.bbk.ac.uk/pps97/assignments/projects/dulai/signal.html#SP
https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-018-0901-3
3 Bakterilerde protein taşınımı https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fcimb.2017.00221/full
4 Bakteriyel membranlara protein eklenmesi Protein transport across and into cell membranes.pdf
5 Endoplazmik retikulum membranında protein sınıflandırılması https://bio.libretexts.org/Bookshelves/Cell_and_Molecular_Biology/Book%3A_Cells_-_Molecules_and_Mechanisms_(Wong)/11%3A_Protein_Modification_and_Trafficking/11.3%3A_Protein_Folding_in_the_Endoplasmic_Reticulum
6 Prokaryot ve Ökaryotlarda disülfid bağlarının oluşturulması https://bio.libretexts.org/Bookshelves/Cell_and_Molecular_Biology/Book%3A_Basic_Cell_and_Molecular_Biology_(Bergtrom)/3%3A_Details_of_Protein_Structure/3.2%3A_Levels_(Orders)_of_Protein_Structure
https://www.youtube.com/watch?v=TVmdwUwhOYE&feature=youtu.be
7 Vize sınavı
8 Katlanmamış protein cevabı The unfolded protein.pdf
The unfolded protein2.pdf
9 Taşıma yolaklarında protein kalite kontrolü https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3140689/
10 Mitokondrilere protein taşınması Transport of Proteins into Mitochondria.pdf
11 Kloroplastlara protein taşınması ve ayrılması Protein import into chloroplasts.pdf
12 Veziküler taşınma https://bio.libretexts.org/Bookshelves/Cell_and_Molecular_Biology/Book%3A_Cells_-_Molecules_and_Mechanisms_(Wong)/11%3A_Protein_Modification_and_Trafficking/11.6%3A_Vesicular_Transport
13 Salgı yolakları https://www.cureffi.org/2013/02/24/cell-biology-04-the-secretory-pathway/
14 Final sınavı

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1527735 Protein trafiğinin temel kavramlarını açıklar
2 1527736 Membranlar ve protein trafiği arasındaki bağlantıyı açıklar
3 1527737 Farklı hücre bölümlerinde protein trafiğinin nasıl gerçekleştiğini açıklar
4 1527738 Protein trafiğinin canlılık için önemini açıklar
5 1527739 Sinyal sekansların protein trafiği için önemini açıklar

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama
1 78041 Alanının gelişmesinde yer alan önemli kişileri, olay ve olguları, alanının uygulamalarına etkileri açısından değerlendirebilir
2 78042 Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uygulanması ve duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerleri gözeterek denetler ve bu değerleri öğretebilir
3 78043 Moleküler biyoloji ve genetik ile ilgili bilimsel süreçlerin temel işleyişlerini ve teorik temellerini açıklar
4 78044 Dünya çapındaki moleküler biyoloji ve moleküler genetik literatürünü okur ve eleştirel bir bakışla literatürde bulunan eksikleri ve problemleri tespit eder
5 78050 Eğitim, endüstri, tarım, sağlık, çevre, enerji ve biyoteknoloji alanlarında disiplinler arası çalışmalara katılır ve diğer disiplinlerin problemleri içindeki moleküler biyoloji ve genetik ögelerini tanır ve açıklar
6 78045 Moleküler biyoloji ve moleküler genetik ile ilgili problemlerin çözümüne yönelik hipotez kurar, uygun istatistiksel yöntemleri seçer ve en güncel deneysel yaklaşımlarla çözer
7 78046 Güncel teorik ve teknolojik gelişmeleri takip eder, yaşam boyu eğitimi kendisine amaç edinir
8 78047 Uzmanlaştığı alanda en az bir yabancı dilde sözlü ve yazılı iletişim kurabilir
9 78048 Alanı ile ilgili konularda strateji, politika ve uygulama planları geliştirir ve elde edilen sonuçları, kalite süreçleri çerçevesinde değerlendirir
10 78049 Moleküler biyoloji ve genetik alanındaki uygulamalarda, toplumsal ve evrensel değerlere duyarlı, ülkenin öncelikli alanlarını gözeten, araştıran ve bu konularda üretim yapan, katkı sağlayan, etik ve sorumluluk sahibidir

Ögrenme Çıktı Matrisi

Program Çıktısı
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
Öğrenme Çıktısı
1 1 2 5 3 3 4 2 1 1 1
2 1 2 5 3 3 4 2 1 1 1
3 1 2 5 3 3 4 2 1 1 1
4 1 2 5 3 3 4 2 1 1 1
5 1 2 5 3 3 4 2 1 1 1
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek