Ders Öğretim Planı

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü Yıl Dönem AKTS
BİL456 Tıbbi Bilişime Giriş (TS 9) 927003 4 8 6

Dersin Amacı

Modern biyoloji araştırmalarında problemlerin çözümü için biyoenformatik yaklaşımların önemini anlama, yazılım teknolojilerini uygulayabilme, sonuçları değerlendirebilme ve yorumlayabilme becerisini kazandırmak.

Ön Koşul Dersleri

Yok

Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

Bioinformatics, Biocomputing and Perl. Michael Moorhouse, Paul Barry Introduction to Bioinformatics. Arthur M. Lesk Fundamental Concepts of Bioinformatics. Dan E. Krane, Michael L. Raymer Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. David W. Mount Beginning Perl for Bioinformatics. James Tisdall Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. Andreas D. Baxevanis

Staj Durumu

Yok

Dersin İçeriği

Biyoenformatik moleküler biyoloji, biyofizik, istatistik ve bilgisayar bilimlerini tümleştiren ve hızlı gelişen bir alandır. Ders biyolojik problemlerin çözümü için bilişim araçlarını da kullanan biyoenformatiğe genel bir bakış sağlar. Konular: veritabanı araması, sekans hizalaması, gen tahmini, RNA ve protein yapısı tahmini, filogenetik ağaçların oluşturulması, karşılaştırmalı ve işlevsel genomik.

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
1 Ara Sınav 1 15 15
2 Final Sınavı 1 30 30
22 Proje Hazırlama 1 50 50
32 Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 20 20
33 Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 35 35

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Giriş. Biyoenformatiğin tanımı, Biyoenformatiğin önemi.
2 Moleküler biyolojiye genel bir bakış. Hücreler, kromozomlar, DNA, RNA, Aminoasitler, Proteinler, Genome, Transcriptome, Proteome.
3 Yazılım aracı olarak Perl, kurulumu ve proglamlanması.
4 İki sekansın hizalanması. Sekansların birbirleriyle ilişkileri.
5 Hizalama yöntemleri (Görsel, Brute Force, Dinamik programlama, Kelime temelli). Hizalama yöntemleri (Görsel, Brute Force, Dinamik programlama, Kelime temelli).
6 Dot plot, Küresel hizalama, Yöresel hizalama.
7 Skor matrisleri, Hizalamanın ölçüsü.
8 Biyoenformatikte veritabanı sistemleri ve Perl.
9 Biyoenformatikte Web teknolojileri ve Perl.
10 Çoklu sekans hizalaması. Küresel çoklu sekans hizalaması, progressive küresel hizalaması, iteratif yöntemler. Yöresel korunmuş örüntülere dayalı küresel çoklu hizalama.

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1278359 Öğrenci temel biyolojik problemleri anlama becerisi kazanacaktır.
2 1278360 Öğrenci uygun bilgisayarlı hesaplama araçlarını kullanma becerisi kazanacaktır.
3 1278361 Öğrenci bilişimsel yaklaşımların altındaki temel prensipleri anlama becerisi kazanacaktır.
4 1278362 Öğrenci istatistiksel ve matematiksel yaklaşımların altındaki temel prensipleri anlama becerisi kazanacaktır.
5 1278363 Öğrenci bilgisayarlı hesaplama araçlarının kısıtlarını anlama ve sonuçların kritik olarak nasıl yorumlanacağı becerisini kazanacaktır.

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama
1 64129 Temel matematik ve bilgisayar bilimleri bilgilerini bilgisayar mühendisliği problemlerine uygulama becerisi.
2 64130 Var olan bir dizgedeki problemleri saptama, tanımlama ve çözümleme becerisi.
3 64131 İstenen gereksinimleri yerine getirecek şekilde bir sistemi veya bir süreci modern tasarım araçları ile tasarlama becerisi.
4 64132 Gereksinimlere uygun donanım ve yazılım çözümlerinin belirlenmesi ve kullanılması becerisi.
5 64133 Deney, gözlem, uygulama ve akıl yürütmeye dayalı çözümleme ve yorumlama becerisi.
6 64134 Bireysel çalışma, disiplin içi ve disiplinler arası takımlarda çalışma becerisi.
7 64135 Türkçe yazılı ve sözlü iletişim kurma becerisi, meslekteki ilerlemeyi sağlayacak şekilde yabancı dil bilgisinin kazandırılması.
8 64136 Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliğini kavrayarak yeniliklere açık olma bilinci ile kendini yenileme becerisi.
9 64137 Mesleki ve ahlaki sorumluluk bilincine sahip olma.
10 64138 Proje planlaması ve yönetimi yapabilme; iş hayatında girişimcilik, yenilikçilik vb. kavramların önemini kavrama becerisi.
11 64139 Çağımızın sosyal, ekonomik, çevresel vb. sorunları hakkında farkındalık ve mühendislik mesleğini bu farkındalığın getirdiği sorumluluk bilinci ile gerçekleştirme.
12 64127 Sorgulayıcı düşünerek yaratıcı ve özgün çözüm yolları bulabilme, alternatif çözüm yolları üretebilme
13 64128 Özgüven, zorluklardan yılmama, kararlılık, sabır gibi kişilik özelliklerinin geliştirilmesi.