Ders Öğretim Planı

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü Yıl Dönem AKTS
MBG313 Biyoinformatiğe Giriş 927001 3 5 4

Dersin Amacı

Öğrencilere, biyolojik veri tabanlarından gen ve protein dizileri ile ilgili verileri elde edebilme ve bu verileri biyoinformatik araçları kullanarak analiz edebilme becerisi kazandırılacaktır.

Dersin Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri

Dr. Öğr. Üyesi Hilal AY

Ön Koşul Dersleri

Yok

Önerilen Diğer Hususlar

Öğrencilerin, Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü web sayfasındaki (https://www.ebi.ac.uk/) araçları kullanarak hazırlayabilecekleri araştırma ödevleri ile teorik olarak edindikleri bilgileri uygulayarak pekiştirmeleri sağlanacaktır.

Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

Selzer, P. M., Marhöfer, R. J., ve Koch, O. (2018). Applied Bioinformatics. An Introduction–Springer. Springer, Cham. Keith, J. M. (2008). Bioinformatics: Volume I Data, Sequence Analysis and Evolution (Methods in Molecular Biology). Humana Press. Lesk, A. (2014). Introduction to Bioinformatics. Oxford University Press.

Dersin Sunulduğu Dil

Türkçe

Staj Durumu

Yok

Dersin İçeriği

Biyoinformatiğin tanımı ve kısa tarihçesi; Biyoinformatiğin biyolojik temelleri; Biyolojik veri tabanları, Nükleotid dizi veri tabanları; Protein dizi veri tabanları; Moleküler yapı veri tabanları; Dizi karşılaştırmaları, İkili ve çoklu dizi hizalama; Dizi analizinde kullanılan algoritmalar ve yazılımlar; Tüm genom dizileme, Yeni nesil dizileme teknikleri; STS ve EST dizileriyle genom karakterizasyonu; Protein yapıları ve protein yapılarının analizi; Genomların işlevsel analizi, DNA mikrodizinleri; İşlevsel proteomik, Protein dizinleri; Karşılaştırmalı genom analizleri

Değerlendirme

# Etkinlikler Adet Yuzde Katkısı Yarıyıl İci Etkinlik Yıl Sonu Etkinlik
90 Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 0 40
91 Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 0 60
1 Ara Sınav 1 70 1
20 Rapor Hazırlama 3 30 1
2 Final Sınavı 1 100 1

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
1 Ara Sınav 1 2 2
2 Final Sınavı 1 2 2
4 Quiz 12 1 12
5 Derse Katılım 13 2 26
9 Problem Çözümü 10 1 10
20 Rapor Hazırlama 3 5 15
32 Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 5 3 15
33 Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 6 3 18

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Biyoinformatiğin Tanımı ve Kısa Tarihçesi - - Biyoinformatiğe Giriş-1.pptx
2 Biyoinformatiğin Biyolojik Temelleri; Nükleik Asitler ve Proteinler - - Biyoinformatiğe Giriş-2.pptx
3 Biyolojik Veri Tabanları; Nükleotid Dizi Veri Tabanları - - Biyoinformatiğe Giriş-3.pptx
4 Protein Dizi Veri Tabanları - - Biyoinformatiğe Giriş-4.pptx
5 Moleküler Yapı Veri Tabanları - - Biyoinformatiğe Giriş-5.pptx
6 Dizi Karşılaştırma Analizleri; İkili ve Çoklu Hizalamalar - - Biyoinformatiğe Giriş-6.pptx
7 Dizi Analizinde Kullanılan Algoritmalar ve Yazılımlar - - Biyoinformatiğe Giriş-7.pptx
8 Genom Dizileme ve Yeni Nesil Dizileme Teknikleri - - Biyoinformatiğe Giriş-8.pptx
9 Ara Sınav - -
10 STS ve EST Dizileriyle Genom Karakterizasyonu - - Biyoinformatiğe Giriş-10.pptx
11 Protein Yapıları ve Protein Yapılarının Analizi - - Biyoinformatiğe Giriş-10.pptx
12 Genomların İşlevsel Analizi; DNA Mikrodizinleri - - Biyoinformatiğe Giriş-11.pptx
13 İşlevsel Proteomik; Protein Dizinleri - - https://www.rcsb.org/
14 Karşılaştırmalı Genom Analizleri - - https://patricbrc.org/
15 Final - -
16 Final - -

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1266351 Mevcut genomik ve proteomik veri tabanları hakkında bilgi edinir
2 1266352 Genomik ve proteomik veri tabanlarında (GenBank, SwissProt, vb.) arama yaparak verilere ulaşabilir ve internetten ulaşabileceği yazılımları (BLAST, ClustalW vb.) kullanarak sonuçlarını analiz edebilir
3 1266353 Biyolojik dizi verilerini nasıl karşılaştırıp analiz edeceğini ve sonuçlarını nasıl yorumlayacağını öğrenir
4 1266354 Biyolojik dizi verilerini temel alan filogenetik ağaçları nasıl oluşturacağını öğrenir
5 1266355 Mikrodizinlerin prensipleri ve uygulama alanları hakkında bilgi edinir
6 1270289 Temel karşılaştırmalı genom analizlerini uygulayabilir

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama
1 70748 Moleküler biyoloji ve genetik alanında kuramsal ve uygulamalı bilgilere sahip olma, güncel teknikleri ve analiz yöntemlerini kullanabilme
2 70749 Moleküler biyoloji ve genetik ile ilgili problemleri tanımlama, deney tasarlama ve gerçekleştirme, verileri çözümleme ve sonuçları yorumlayarak çözüm yolları üretebilme
3 70750 Hayat boyu öğrenmenin önemini benimseme ve alanı ile ilgili güncel gelişmeleri takip ederek kendini geliştirebilme
4 70755 Verilerin toplanması, yorumlanması ve sonuçlarının duyurulması aşamalarında bilimsel ve mesleki etik değerlere uygun hareket etme
5 70751 Alanında edindiği bilgi ve becerileri eleştirel bir yaklaşımla değerlendirebilme ve yeni fikirleri uygulamaya istekli olma
6 70752 Alanı ile ilgili konularda ilgili kişi ve kurumları bilgilendirebilme, düşüncelerini ve sorunlara ilişkin çözüm önerilerini yazılı ve sözlü olarak aktarabilme
7 70754 Ulusal veya uluslararası toplumsal sorunların çözümünde uyumlu bir şekilde takım çalışması yapabilme
8 70753 Kuramsal ve uygulamalı çalışmalardan elde ettiği verileri toplumsal sorunların çözümüne uygulamaya istekli olma