Ders Öğretim Planı

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü Yıl Dönem AKTS
MBG310 Proteomiğe Giriş 927001 3 6 5

Dersin Amacı

Biyolojik çalışmaların önemli bir konusunu oluşturan proteinlerin büyük-ölçekli tanımlanmasını ifade eden proteomiğin temel prensiplerini kavramak.

Dersin Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri

Prof. Dr. Münir TUNÇER

Ön Koşul Dersleri

Yok

Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

Daniel C. Liebler: Introduction to Proteomics: Tools for the New Biology

Dersin Sunulduğu Dil

Türkçe

Staj Durumu

Yok

Dersin İçeriği

Proteomik ve yeni biyoloji. Proteom. Analitik proteomike genel bakış. Analitik protein ve peptid ayrıştırma. Protein sindirim teknikleri. Protein ve peptid analizlari için kütle spektrometreleri. Peptid kütle parmakizi tekniğiyle proteinlerin tanımlanması. Ardışık-MS ile peptid sekans analizi. Ardışık-MS verisiyle protein tanımlama. SALSA: ardışık-MS verisinin özgün özelliklerinin kazılması için bir algoritma. Proteomların kazılması. Protein ekspresyon profillerinin çıkartılması. Protein-protein interaksiyonlarının ve protein komplekslerinin tanımlanması. Protein modifikasyonlarının haritalanması ve Proteomikin geleceği.

Değerlendirme

# Etkinlikler Adet Yuzde Katkısı Yarıyıl İci Etkinlik Yıl Sonu Etkinlik
90 Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 1 40
91 Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 1 60
1 Ara Sınav 1 50 1
4 Quiz 5 20 1
5 Derse Katılım 14 10 1
23 Proje Sunma 1 20 1
2 Final Sınavı 1 100 1

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
1 Ara Sınav 1 1 1
2 Final Sınavı 1 1 1
4 Quiz 5 1 5
5 Derse Katılım 14 2 28
22 Proje Hazırlama 1 15 15
23 Proje Sunma 1 1 1
29 Bireysel Çalışma 12 1 12
32 Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 10 10
33 Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 15 15
52 Quiz için Bireysel Çalışma 5 5 25
54 Ev Ödevi 1 10 10

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Proteomik ve yeni biyoloji
2 Proteom
3 Analitik proteomike genel bakış
4 Analitik protein ve peptid ayrıştırma
5 Protein sindirim teknikleri
6 Protein ve peptid analizlari için kütle spektrometreleri
7 Peptid kütle parmakizi tekniğiyle proteinlerin tanımlanması
8 Ara Sınav
9 Ardışık-MS ile peptid sekans analizi.
10 Ardışık-MS verisiyle protein tanımlama
11 SALSA: ardışık-MS verisinin özgün özelliklerinin kazılması için bir algoritma.
12 Proteomların kazılması
13 Protein ekspresyon profillerinin çıkartılması
14 Protein-protein interaksiyonlarının ve protein komplekslerinin tanımlanması
15 Protein modifikasyonlarının haritalanması ve Proteomikin geleceği
16 Final Sınavı

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1286697 Büyük-ölçekli protein analizinin gerekliliğini kavrama
2 1286698 Proteom içeriğinin genom içeriğinden farklılığını kavrama
3 1286699 Proteomun dinamik ve karmaşıklığını kavrama
4 1286700 Proteoma dayalı olarak canlıların fonksiyonlarını tanımlayabilme
5 1286701 Protein interaksiyonlarının ve ağlarının önemini kavrama
6 1286702 Proteom analizlerinde biyoinformatiğin önemini kavrama

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama
1 70748 Moleküler biyoloji ve genetik alanında kuramsal ve uygulamalı bilgilere sahip olma, güncel teknikleri ve analiz yöntemlerini kullanabilme
2 70749 Moleküler biyoloji ve genetik ile ilgili problemleri tanımlama, deney tasarlama ve gerçekleştirme, verileri çözümleme ve sonuçları yorumlayarak çözüm yolları üretebilme
3 70750 Hayat boyu öğrenmenin önemini benimseme ve alanı ile ilgili güncel gelişmeleri takip ederek kendini geliştirebilme
4 70755 Verilerin toplanması, yorumlanması ve sonuçlarının duyurulması aşamalarında bilimsel ve mesleki etik değerlere uygun hareket etme
5 70751 Alanında edindiği bilgi ve becerileri eleştirel bir yaklaşımla değerlendirebilme ve yeni fikirleri uygulamaya istekli olma
6 70752 Alanı ile ilgili konularda ilgili kişi ve kurumları bilgilendirebilme, düşüncelerini ve sorunlara ilişkin çözüm önerilerini yazılı ve sözlü olarak aktarabilme
7 70754 Ulusal veya uluslararası toplumsal sorunların çözümünde uyumlu bir şekilde takım çalışması yapabilme
8 70753 Kuramsal ve uygulamalı çalışmalardan elde ettiği verileri toplumsal sorunların çözümüne uygulamaya istekli olma

Ögrenme Çıktı Matrisi

Program Çıktısı
1 2 3 4 5 6 7 8
Öğrenme Çıktısı
1 4 4 2 2 3 2 2 2
2 5 5 4 3 2 2 2 3
3 3 3 3 2 3 1 2 3
4 4 4 4 2 4 2 3 2
5 4 3 4 4 2 3 1 3
6 3 3 2 3 3 2 1 2
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek