Ondokuz Mayıs Üniversitesi Bilgi Paketi - Ders Kataloğu

Ders Öğretim Planı

Ders KoduDers AdıDers TürüYılYarıyılAKTS
TBT404 Biyoinformatik 927001 4 8 4
Dersin Seviyesi
Lisans
Dersin Amacı
Öğrencilere biyoinformatiğin temellerinin ve bunların bitkisel ve hayvansal üretimin geliştirilmesine nasıl uygulanacağını öğretmeyi amaçlar.
Dersin Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Assoc.Prof.Dr.Musa KAVAS
Öğrenme Çıktıları
  1. Protein ve DNA dizilerinin karşılaştırmasını yapar
  2. İlgili algoritmları kullanarak ve gen atıflandırması yaparak genom analizlerini gerçekleştiri
  3. Proteinlerin modellemesi, karşılaştırrılması ve tanımlanması için gerekli bilgiyi edinir
  4. Biyolojik veri tabanlarının yapısı ve kullanımı hakkında pratik bilgiye sahip olur
Öğrenim Türü
Birinci Öğretim
Ön Koşul Dersleri
Yok
Önerilen Diğer Husular
Yok
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Dersin Sunulduğu Dil
İngilizce
Staj Durumu
Yok
Dersin İçeriği
Moleküler Biyolojinin temel ilkeleri, Biyoinformatiğe giriş, Dizileme, Veri bankaları, Nükleik asit dizi analizleri, Protein dizi analisleri, Filogenetik analizler
Haftalık Ders İçeriği
Hafta Teorik Uygulama Laboratuar
1.Moleküler biyolojide temel kavramlar
2.Biyoinformatiğin tanımı, tarihçesi ve önemi
3.NCBI araçları, EBI araçları ve temel uygulamalar
4.Veri tabanları: DNA, Genome , Protein
5.Dizi hizalamaları: Alignment, BLAST
6.Motif ve domain taramaları
7.Genom dizilemeleri ve zirai uygulamaları
8.Arasınav
9.Genom dizilemeleri ve zirai uygulamaları
10.Genlerin tahmini ve atıflandırılması
11.KEGG, DAVID, BioCyc, ENTREZ, ExPASy
12.Mikroarray analizleri
13.RNA dizileme analizleri
14.RNA dizileme analizleri
15.Transcriptome, Proteome, Metabolome veri tabanları
16.Final sınavı
Değerlendirme
Yarıyıl (Yıl) İçi EtkinlikleriAdetKatkı (%)
Ara Sınav150
Laboratuvar Ara Sınavı150
Toplam100
Yarıyıl (Yıl) Sonu EtkinlikleriAdetKatkı (%)
Final Sınavı1100
Toplam100
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri40
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri60
Toplam100
İş Yükü Hesaplaması
EtkinliklerAdetSüresi(saat)Toplam İş Yükü(saat)
Ara Sınav122
Final Sınavı122
Derse Katılım14228
Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma13030
Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma14040
Laboratuvar Ara Sınavı133
Toplam105