Ondokuz Mayıs Üniversitesi Bilgi Paketi - Ders Kataloğu

Ders Öğretim Planı

Ders KoduDers AdıDers TürüYılYarıyılAKTS
BİS703 Mikoarray ve Gen Dizi Analizleri 927001 1 1 6
Dersin Seviyesi
Doktora
Dersin Amacı
Öğrencinin genetik veri yığınlarının analizinde kullanılan özel istatistiksel yöntemler ayrıntılı şekilde kavraması, temel genetik kavramlar ile veri türlerini öğrenmesi, verilerin bilgisayar ortamında analizi için en çok kullanılan Bioconductor, PLINK, Haploview, R gibi yazılımların kullanması, Genetik veri analizinden önce yapılan bazı ön işlemlerin [linkage disequilibrium (LD), Hardy-Weinberg equilibrium (HWE), minor allele frequency (MAF)] öğrenilmesi, genetik araştırmalarda büyük önemi olan "Genome Wide Association Study (GWAS)"'nin özelliklerinin bilinmesi.
Dersin Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Öğrenme Çıktıları
  1. Temel genetik bilgiler ve veri tipleri hakkında bilgi sahibi olur
  2. İstatistiksel yöntemleri test edebileceği kullanıma açık genetik veri tabanlarına ulaşım yollarını öğrenir.
  3. Genetik verilerin analizinde kullanılan yazılımlarının temel kullanım becerisini kazanır
  4. Sonuçları yorumlar
Öğrenim Türü
Birinci Öğretim
Ön Koşul Dersleri
Yok
Önerilen Diğer Husular
Yok
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
1. Aidong Zhang, Advanced Analysıs Of Gene Expressıon Mıcroarray Data, World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2006
2.Mei-Lıng Tıng Lee ,Analysıs of Mıcroarray Gene Expressıon Data, Kluwer Academic Publishers, 2004
3.David Posada (Editor), Bioinformatics for DNA Sequence Analysis Human, A Press, Springer Science, Business Media, 2009
4.Ilya Shmulevich, Wei Zhang (Editors), Computatıonal And Statistical Approaches To Genomics, Second Edition, Springer Science+Business Media, Inc.,2006
5.Rongling Wu, George Casella, Chang-Xing Ma, Statistical Genetics of Quantitative Traits, Linkage, Maps, and QTL, Springer Science + Business Media, LLC, 2007
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Staj Durumu
Yok
Dersin İçeriği
Genetik Analiz Yöntemlerine Giriş ve Genetik Terminoloji, Genetik Veri Tabanlarının Kullanımı, Bioconductor, PLINK ve R Yazılımının Genetik Verilerde Kullanımı, Genetik Verilerde İlk Analiz Teknikleri(Imputation, HW, MAF, LD, Association Analizleri), Genome-Wide Association Çalışması (GWAS), SNP-SNP / Gen-Gen Etkileşim Analiz Yöntemleri, Multifactor Dimensionality Reduction (MDR), Generalized Multifactor Dimensionality Reduction (GMDR), Phylogenetic Analysis, QTL mapping,
Haftalık Ders İçeriği
Hafta Teorik Uygulama Laboratuar
1.Genetik Analiz Yöntemlerine Giriş ve Genetik Terminoloji
2.Genetik Veri Tabanlarının Kullanımı
3.“Bioconductor”, "Haploview", “PLINK” ve “R” Yazılımının Genetik Verilerde Kullanımı
4.Genetik Verilerde Ön Analiz Teknikleri
5.Genome-Wide Association Çalışması (GWAS)
6.SNP-SNP / Gen-Gen Etkileşim Analiz Yöntemleri
7.Multifactor Dimensionality Reduction (MDR)
8.Generalized Multifactor Dimensionality Reduction (GMDR)
9.Mikroarray Deney Düzenleri ve Veri Analiz Yöntemlerine İstatistiksel Yaklaşım
10.Filogenetik Analizler
11.Quantative Trait Locus (QTL) Mapping için İstatistiksel Metotlar
12.Complex Trait Tahminleme Yöntemleri
13.Next Generation Sequence Veri Analiz Yöntemleri
14.Haplotip Analiz ve Fine Mapping
15.
16.
Değerlendirme
Yarıyıl (Yıl) İçi EtkinlikleriAdetKatkı (%)
Ara Sınav130
Derse Katılım1430
Uygulama/Pratik1410
Tartışma610
Soru-Yanıt610
Ev Ödevi210
Toplam730
Yarıyıl (Yıl) Sonu EtkinlikleriAdetKatkı (%)
Final Sınavı1100
Toplam100
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri40
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri60
Toplam100
İş Yükü Hesaplaması
EtkinliklerAdetSüresi(saat)Toplam İş Yükü(saat)
Ara Sınav133
Final Sınavı133
Derse Katılım14342
Uygulama/Pratik14342
Tartışma6530
Soru-Yanıt6424
Ev Ödevi236
Toplam150